北京清河医院设有中医科、中医二科，科室遵循中医辨证施治思路，融合现代临床诊疗思路，采取辨证辨病、内外同治、中药内服与物理干预相结合的诊疗方式，接诊各类中医常见病、慢性病、多发病。

两科特色互补、协同开展中医诊疗服务。中医科以中药方剂辨证调理及中医外治综合疗法为核心，主要开展中药方剂辨证施治，擅长以中药汤药、针刺、艾灸、推拿等综合手段，针对脏腑失调、体虚等慢性内科问题开展全身性身心调理；中医二科主打中医外治特色理疗，专攻颈肩腰腿痛、久坐劳损等筋骨不适问题，以针刺、推拿等物理理疗项目为主，针对性处理颈肩腰背不适、长期劳损相关病症。科室设有专用治疗室，常规开展针灸、艾灸、刮痧、拔罐、推拿、穴位敷贴、红外线理疗等中医适宜技术。